Als wichtige überregionale Wasserbewirtschaftungsfrage in der IMK wurde die Schaffung der Durchgängigkeit für Fische identifiziert. Dazu wurde im Rahmen einer Facharbeitsgruppe ein „Masterplan Wanderfische Maas“ vorbereitet. Grundaussagen dieses Masterplans wurden in den Bewirtschaftungsplan aufgenommen. Insbesondere werden im Bewirtschaftungsplan prioritäre Gewässer für Maßnahmen zur Verbessserung der Durchgängigkeit und der Lebenshabitate für Langdistanzwanderfische benannt. Dies erfolgt in internationaler Abstimmung unter Berücksichtigung von Kosten-Effizienz-Aspekten.
Eine generelle Koordinierung der Kosteneffizienz aller Maßnahmen auf internationaler Ebene ist wegen der unterschiedlichen ökonomischen Rahmenbedingungen für die nationale Maßnahmenplanung nicht zweckmäßig und hat sich bei der Maßnahmenplanung auch nicht als erforderlich erwiesen.